A estrutura do CRFa 2ª Região - São Paulo é composta por 20 conselheiros, sendo 10 conselheiros efetivos e 10 suplentes, eleitos de forma direta pelos profissionais do Estado de São Paulo.

Internamente, os conselheiros elegem a diretoria que é composta de presidente, vice-presidente, diretor-tesoureiro e diretor-secretário. O CRFa 2ª Região - São Paulo, conta, ainda, com funcionários contratados para trabalhar na área administrativa e assessores contábil, jurídico e de Diretoria.